Die Hauptorgel wurde 1995 von Gert Weyland (Opladen) nach einem Dispositionsentwurf des damaligen Kölner Domorganisten Clemens Ganz erbaut. Das Instrument hat insgesamt 45 Register, darunter 2 Gruppenzüge (Nr. 20 und 33). Die Spieltraktur ist mechanisch, die Koppeln und die Registertraktur sind elektrisch.

• Manualkoppeln: III-I, II-I, III-II, Superkoppel III-I (ausgebaut)
• Pedalkoppeln: III-P, II-P, I-P, Superkoppel III-P (ausgebaut)
• 2 programmierbare Crescendi, 2304 Setzerkombinationen, Sequenzer
• Effektregister: Nachtigall

Dieses Positiv aus der Werkstatt Willi Peter (Köln) von 1968 stammt ursprünglich aus der evangelischen Thomaskirche in Köln und stand seit Oktober 2005 in der Krypta von St. Andreas. Seit 2020 hat es seine Aufstellung auf einem fahrbaren Podest im gotischen Hochchor gefunden und dient zur Begleitung der dortigen Liturgien.

• geteilte Schleifen bei c1
• mechanische Spiel- und Registertraktur
• Manualumfang C-f3
• Jalousie-Schweller aus Plexiglas im Prospekt
• 5 Register: Gedeckt 8′ | Rohrflöte 4′ | Principal 2′ | Quinte 1 1/3′ | Mixtur II-III 1'

Für die weitere instrumentale Begleitung, vor allem innerhalb des Ensembles “Accademia Andreae” steht eine Truhenorgel von Gert Weyland (Opladen) zur Verfügung und kommt an verschiedenen Orten in der Kirche zum Einsatz.
• geteilte Schleifen bei c1
• mechanische Spiel- und Registertraktur
• Transponiervorrichtung 415 / 440 / 465 Hz
• 5 Register: Gedackt 8′ | Rohrflöte 4′ | Quinte 2 2/3′ | Schwegel 2′ | Terz 1 3/5′ (nur Diskant)